提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
北京冬奥会开幕一年了,大伙儿最近都忙啥呢?******
去年的今天
北京冬奥会在鸟巢开幕
那场面是相当大
比赛是相当精彩
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时光飞逝,岁月如梭
眨眼间一年过去了
参加冬奥会的大家伙儿
最近在忙啥呢?
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北半球正值冬天
雪上项目新赛季开始了
谷爱凌又开始收割金牌了
这一年里
爱凌妹子学习和生活丰富多彩
竞技水平也依旧是杠杠的
虽然前两天受了点小伤
但优秀的人就是干啥都优秀
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前些天的兔年春晚
有几个熟悉的身影出现
武大靖、徐梦桃、高亭宇
参与了开场表演
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冬奥冠军一出场就是不一样
感觉空气都变得金灿灿的
新一年肯定财源滚滚
(此处重点抄送领导)
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花滑届的传说羽生结弦
虽然告别了竞技赛场
却依旧在冰上带给人们花滑作品
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看了羽生结弦的表演我深有感触
像他这样的人征服冰场
像我这样的人驯服四肢
甚至还驯服未遂
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北京冬奥会的明星可不只有运动员
冰墩墩也是妥妥的顶级流量
卡塔尔世界杯期间
冰墩墩还被带去和拉伊卜交了个朋友
幸亏卡塔尔是冬天办赛
要不我们墩墩还不得化了
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最近冰墩墩还有了个“新皮肤”
——兔年特别版“兔墩墩”
可爱+可爱=可可爱爱
这谁能拒绝得了?
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而冰墩墩的好朋友雪容融
2022年底正式宣布下线了
这让人有点淡淡的伤感
大家会记得
雪容融在上个冬天给大家带来的快乐
我的手机里面
也会一直存着“小灯笼精”的表情包
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前几天,我去了一趟“冰丝带”
国家速滑馆内部依旧美丽
“速度最快的冰”上虽然没有职业选手
却多了一群学滑冰的孩子们
现在小孩运动细胞都这么强吗
怎么跟我当年上冰就摔一点不一样
都滑得可顺溜了
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为比赛建设的冬奥场馆们
如今被利用起来服务大众
高亭宇夺冠的冰场我能滑一滑
谷爱凌夺冠的大跳台是不是也跳一跳?
呃,这个还是有点危险
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参与参与群众娱乐项目就行了
重要的是那个心情
北京冬奥会留下的冬奥遗产颇多
这一年当中咱中国人也没闲着
一直想方设法利用起来
效果也都很好
这不鸟巢就整出了创新
北京冬奥会开闭幕式都在鸟巢举办
当时为了保暖座椅都有椅套
一年以后
这些椅套中一部分被改成了包包
现在在网上就可以买到
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拎这个包包出门
别人问起来
你就说这包参加过北京冬奥会
是开闭幕式的重要演员
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这样看来,这一年大家都红红火火
而对北京冬奥会进行一线报道的我
当时给自己定了几个目标
一是勤加锻炼
这个似乎、也许、勉强算实现了
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二是学会滑冰滑雪
这个……呃……先不提了
就把它顺延成今年的目标吧
没准在哪块冰上就能偶遇我
认准那个最手忙脚乱的
多半就是我
无论如何
咱们一起多多参与冰雪运动吧
(记者:王昊 绘图:李伊璐)
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